处理病假扣除加班费的问题时，存在一些特殊情况，会对维权结果产生直接影响。
1. 员工提供虚假病假证明：若员工休病假时提交的是伪造的医院诊断证明，用人单位不仅有权扣除病假期间的工资（按旷工处理），还可对“虚假病假”对应的行为进行纪律处分，但已产生的加班费仍需支付——即虚假病假不影响加班费的合法性，用人单位不得以此为由扣除已发生的加班费。
2. 用人单位已补发但未足额支付：若用人单位在员工提出异议后，仅补发部分扣除的加班费（如应补500元只补200元），员工仍可主张剩余金额，此时需举证证明加班费的计算标准（如劳动合同约定、公司制度规定），若用人单位无法证明“足额支付”，则需补足差额。
3. 员工与用人单位签订了“自愿放弃加班费”协议：若协议是用人单位强迫签订（如不签就不批病假），则协议无效，员工仍可要求支付；若协议是员工真实意思表示（如因个人原因主动放弃），则需结合协议内容判断，但实践中此类协议因违反法律强制性规定，大概率仍被认定为无效。
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病假扣除加班费的行为，除了直接的经济损失，还可能引发其他法律风险。
1. 用人单位拒不返还的经济损失风险：例如，员工王某休病假期间，公司扣除其上月500元加班费，王某多次协商无果后未及时维权，公司以“已过内部申诉期”为由拒绝返还，导致王某需通过仲裁才能追回，不仅耗时耗力，还可能因仲裁期间的成本（如交通费、材料费）扩大损失。
2. 证据链缺失的维权失败风险：例如，员工李某休病假时被扣除300元加班费，但未保存加班审批记录，仅提供考勤表（无公司盖章），公司抗辩“考勤表为李某自行修改”，因证据链不完整，仲裁委未支持李某的诉求，导致其无法追回扣除的加班费。
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实践中，部分员工在面对病假扣除加班费时会出现错误操作，反而影响权益维护。
1. 未及时固定证据：部分员工发现加班费被扣除后，未第一时间保存工资条、考勤记录等关键证据，后续用人单位可能篡改或销毁证据，导致维权无据。
2. 与用人单位发生口头冲突：情绪激动下与HR或领导争吵，不仅无法解决问题，还可能被用人单位抓住“违反职场纪律”的借口，影响后续维权的协商基础。
3. 超过仲裁时效维权：劳动仲裁时效为1年，若员工知道加班费被扣除后长期未主张权利，超过时效后仲裁委可能不予受理，直接丧失胜诉权。
若您已出现上述错误操作，或担心权益受损，可尽快咨询律师，律师会帮您制定补救方案。
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关于病假期间扣除加班工资的问题，核心结论是违法。
病假扣除加班工资违法，员工有权要求返还扣除的加班费。
1. 若用人单位在员工休病假期间，直接从工资中扣除已产生的加班费：根据法律规定，加班费是员工加班的合法报酬，与病假待遇分属不同劳动权益，此扣除行为违反《劳动法》对劳动报酬支付的强制性规定。
2. 若用人单位以“病假影响工作时长”为由，未足额支付已加班对应的加班费：只要员工有证据证明存在加班事实（如加班审批记录、考勤表），用人单位就应按法定标准支付，不得因病假抵扣。
3. 若用人单位将病假期间的工资抵扣与加班费扣除混淆：病假工资应按医疗期规定发放（最低不低于当地最低工资标准的80%），加班费是独立报酬，两者不可相互冲抵。

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